หนูเป็นศัตรูที่สำคัญของมนุษย์ เป็นพาหะนำโรคหลายชนิดสู่คนและสัตว์เลี้ยง หนูสร้างความเสียหายโดยการกัด แทะ ตามวัสดุของสิ่งก่อสร้าง อาคารบ้านเรือน ของใช้ต่าง ๆ สายไฟ และอุปกรณ์ไฟฟ้าต่าง ๆ ภายในอาคาร ซึ่งอาจทำให้เกิดไฟฟ้าลัดวงจร เป็นอันตรายต่อชีวิตและทรัพย์สิน

หนูเป็นแหล่งสะสมเชื้อโรคที่สำคัญที่เป็นปัญหาทางสาธารณสุขทั่วโลก ซึ่งสามารถแพร่กระจายเชื้อมายังมนุษย์และสัตว์เลี้ยงได้อย่างรวดเร็ว เช่น โรคที่เกิดจากไวรัส คือ ฮันตาไวรัส (Hantavirus Pulmonary Syndrome) ส่วนโรคที่เกิดจากแบคทีเรีย ได้แก่ โรคฉี่หนู (Leptospirosis) กาฬโรค (plague) สครัปไทฟัส (scrub typhus) และมิวรีนไทฟิส (murine typhus) และโรคที่เกิดจากหนอนพยาธิ ได้แก่ โรคพยาธิใบตับ (Opisthorchiasis) โรคพยาธิตัวบวม (Tichinosis) และโรคเยื่อหุ้มสมองอักเสบ (Angiostrongyliasis) เป็นต้น

ซึ่งมนุษย์สามารถติดเชื้อได้ 2 ทาง คือ

• การติดเชื้อทางตรง เช่น ถูกกัด รับประทานอาหารหรือน้ำดื่มที่ปนเปื้อนอุจจาระของหนูที่มีตัวอ่อนระยะติดต่อ
• และสามารถติดต่อทางพื้นดินจากการสัมผัส ขณะที่การติดเชื้อทางอ้อม ได้แก่ การรับประทานกลุ่มปรสิตภายนอก (ectoparasite) เช่น เห็บ ไร เหา และหมัด รวมทั้งรับประทานโฮสต์กึ่งกลาง เช่น หอยน้ำจืดและโฮสต์พาราทีนิก เช่น กุ้ง ปู และลูกอ็อดที่มีพยาธิระยะติดต่อโดยบังเอิญ จึงทำให้มีการแพร่กระจายเชื้อในมนุษย์สูงขึ้น ดังนั้นการป้องกันในการเกิดโรคเหล่านี้ควรทำความสะอาดบริเวณบ้านเป็นประจำ รับประทานอาหารที่ปรุงสุกอยู่เสมอ